Unix_Concepts: Only mark up I/O operations as code and not comma

Currently, the spacing is a little off, because the comma is also marked
up as code. So only mark up the I/O operations.

Signed-off-by: Andre Noll <maan@tuebingen.mpg.de>

Introduction: Emphasize book title instead of using quotes

Signed-off-by: Andre Noll <maan@tuebingen.mpg.de>

OS-Level_Virtualization: Spell *threat model* with *t*

Signed-off-by: Andre Noll <maan@tuebingen.mpg.de>

Improve explanation of fifos.

Fifos are introduced as one of the seven file types but the explanation
given there does not include typical use cases. Add a paragraph about
fifos in the section on pipes and redirections to elaborate a little
how fifos facilitate inter process communication.

Suggested-by: Andrea Movilli <andrea.movilli@tuebingen.mpg.de>

LVM: Update paragraph on multi-queue schedulers.

The single queue schedulers are history, so replace the text which
said that they are about to be replaced.

LVM: Trivial formatting fix.

The term "device" was not formatted properly due to a missing <code>
and </code>.

Increase font size of <code> sections.

At least with some versions of firefox, they appear way too small.

uc: Add a summary of the SCO lawsuit to the history section.

The new text summarizes the cited LWN article.

Unix concepts: Add missing </p>.

Improve table of contents menu and style sheet.

Major changes to the macros and the .css files which should improve
the look and feel of the pages a bit. Most notable is the increased
font size and the new layout of the table of contents dropdown menu.

No content changes.

Networking: Fix typo.

Remove the duplicate "on".

Networking: Slightly reword veth paragraph.

Don't imply that eth0 is always a physical interface and fix a
typo/braino: one instance of pair needs to be peer.

Filesytems: Fix trivial grammar issue.

FS: Replace http link to nfs sourceforge page by https.

checklink complains as follows:

Code: 301 -> 200 OK
To do: This is a permanent redirect. The link should be updated.

FS: Remove Link to xfs.org page.

Code: 500 Can't connect to xfs.org:443 (Connection timed out)

Quoting XFS developer Darrick J. Wong on lkml:

> Is there a replacement URL for the xfs documentation?

None that I know of.  Some of it went to xfs.org but then we lost
control of it.  I tried to push other pieces went to xfs.wiki.kernel.org
but then we lost control of that too.  Some of it is slowly migrating to
the kernel source code, but most of the old stuff is probably not
movable because people are afraid of mixing GPL and CC licensed data in
the same git repo/git server.

fs: Add two LWN links to NFS articles by Neil Brown.

As always, these are a nice read.

fs: Expand subsection on NFS file delegations.

Add some text about leases, the new corteous server feature and
directory delegations.

fs: Improve text on NFS silly renames.

Mention the rmdir problem and that as of nfs4.1 silly renames are
a thing of the past. Adjust the exercise which asks the reader to
create a silly-renamed file accordingly.

fs: Fix typo in NFS section.

Networking: Remove exercise about www.meineip.de.

This site went offline recently. It now redirects to a different
page which requires javascript and requires the user to enter a
captcha.

filesystems: Add a paragraph about post-EOF reclaim after crash.

OSLV: Replace LXC section.

LXC got more and more complex, which made me write micoforia, a
minimalistic container framework for Linux. This commit replaces the
section on LXC by a similar section on micoforia.

OS-Level_Virtualization: Fix typo.

Introduction: Fix duplication anchor.

Since the chapter list is contained twice on the intro page, we
must use different names for the anchors. To do so, change the
TABLE_OF_CONTENTS() macro to receive the name of the anchor as an
argument.

Found by checklink.

Fixes: 47d1b278687988739b214025788f7c5739916e70

OS-Level_Virtualization: Reword exercise on AMD's Secure Virtual Machine.

The link is dead. Reword the exercise to avoid referring to the
document directly.

Found by checklink.

Fix two broken links.

The cluster and the user-info repo were merged recently, and
the cluster repo was removed afterwards. This commit makes
the links refer to the user-info repo instead.

This only affects the internal version of the pages.

Found by checklink.

Filesystems: Improve section on dentry cache.

Add link to LWN article on dcache.

Although a bit dated, it's still worth reading.

Add table of contents to the main page.

At least the netsurf browser completely ignores the hamburger icon,
so provide an alternative way to navigate the pages.

Have the logo link to the top level page.

This allows the user to switch back to the main page from any chapter.

Unix Concepts: Move some links to "Further Reading".

These are independent documents rather than exercises.

Unix Concepts: Use <th> for table headers.

This way they are styled according to the values in the css file.

LVM: Fix broken link to COW.

The link broke when the section on the virtual address space was made
a subsection. Just link to the containing section on processes instead.

Use the opportunity to reformat the whole paragraph and add the
missing at the end of the paragraph </p>.

Unix Concepts: Remove broken link.

The section on soft and hard links was made a subsection, which has
been merged into the section on Paths, Files and Directories. Remove
the misleading and broken link.

Found by checklink.

Decrease font size of menu.

To make it fit onto small cell phone screens.

Improve menu.

The grey bar was not very intuitive to use, and it does not work with
all browsers. While elinks ignores the css and renders the menu at
the top of the page, at least one popular cell phone browser neither
shows the bar nor the menu, making it impossible to navigate the pages.

This commit reworks the css and html code to always show an hamburger
icon at the top left corner of the page. Moving the pointer on the
icon opens the menu.

Suggested-by: Sanja Jasek <S.Jasek@exeter.ac.uk>
Tested-by: Maša Lenuzzi <masa.lenuzzi@tuebingen.mpg.de>

Avoid stray '<!DOCTYPE>' text.

The markdown converter converts the doctype header into html which
results in a stray line at the top of the chapter. This only affects
the chapters that still use markdown: Bash, Git, Command Line
Utilities, and Gridengine.

This patch applies a silly workaround. In the long run, the chapters
should be converted to plain html.

Initial commit.

These files were created 2015 and orginally contained only the
material that was used for the Unix courses held back then at the
MPI for development biology in Tübingen.

Over time, more content was added and existing contents have been
improved. Development was tracked within the non-public "user-info"
git repository that also contains unrelated contents for internal
use within the institute.

In 2019-12 the title was changed to "Advanced Problems in the Linux
Environment" and the pages were made public. To give interested
readers access to the source code, contents were moved to a dedicated
repository that was made public in 2020-01.

No attempts were made to filter out the 269 commits of the user-info
repo that touched the files of the unix course.